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Enregistrement W4293817200 · doi:10.1049/enb2.12024

A curcumin direct protein biosensor for cell‐free prototyping

2022· article· en· W4293817200 sur OpenAlexaff
Agata Kennedy, Guy D. Griffin, Paul S. Freemont, Karen M. Polizzi, Simon J. Moore

Notice bibliographique

RevueEngineering Biology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensKensington Health
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research Council
Mots-clésBiosensorSynthetic biologyCurcuminFluorescenceSubstrate (aquarium)Protein engineeringGreen fluorescent proteinCell-free protein synthesisChemistryCombinatorial chemistryEscherichia coliBiochemistryCofactorCell-free systemDirected evolutionNanotechnologyEnzymeComputational biologyBiologyProtein biosynthesisMaterials scienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In synthetic biology, biosensors are routinely coupled with a gene expression system for detecting small molecules and physical signals. We reveal a fluorescent complex, based on the interaction of an Escherichia coli double bond reductase ( Ec CurA), as a detection unit with its substrate curcumin—we call this a direct protein (DiPro) biosensor. Using a cell‐free synthetic biology approach, we use the Ec CurA DiPro biosensor to fine tune 10 reaction parameters (cofactor, substrate, and enzyme levels) for cell‐free curcumin biosynthesis, assisted through acoustic liquid handling robotics. Overall, we increase Ec CurA‐curcumin DiPro fluorescence within cell‐free reactions by 78‐fold. This finding adds to the growing family of protein–ligand complexes that are naturally fluorescent and potentially exploitable for a range of applications, including medical imaging to engineering high‐value chemicals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,380
Score d'incertitude au seuil0,778

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,273
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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