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Enregistrement W4293998378 · doi:10.48550/arxiv.2208.14360

FAST-AID Brain: Fast and Accurate Segmentation Tool using Artificial Intelligence Developed for Brain

2022· preprint· en· W4293998378 sur OpenAlexfundno aff
Mostafa Mehdipour Ghazi, Mads Nielsen

Notice bibliographique

RevuearXiv (Cornell University) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueBrain Tumor Detection and Classification
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiNational Research FoundationNorthern California Institute for Research and EducationVelux FondenBioClinicaBiogenPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationUniversity of Southern CaliforniaDanmarks GrundforskningsfondU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbEuropean CommissionAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMeso Scale DiagnosticsInnovationsfondenAlzheimer's Association
Mots-clésComputer scienceSegmentationArtificial intelligencePreprocessorRobustness (evolution)Pattern recognition (psychology)Human Connectome ProjectDeep learningComputer vision

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Medical images used in clinical practice are heterogeneous and not the same quality as scans studied in academic research. Preprocessing breaks down in extreme cases when anatomy, artifacts, or imaging parameters are unusual or protocols are different. Methods robust to these variations are most needed. A novel deep learning method is proposed for fast and accurate segmentation of the human brain into 132 regions. The proposed model uses an efficient U-Net-like network and benefits from the intersection points of different views and hierarchical relations for the fusion of the orthogonal 2D planes and brain labels during the end-to-end training. Weakly supervised learning is deployed to take the advantage of partially labeled data for the whole brain segmentation and estimation of the intracranial volume (ICV). Moreover, data augmentation is used to expand the magnetic resonance imaging (MRI) data by generating realistic brain scans with high variability for robust training of the model while preserving data privacy. The proposed method can be applied to brain MRI data including skull or any other artifacts without preprocessing the images or a drop in performance. Several experiments using different atlases are conducted to evaluate the segmentation performance of the trained model compared to the state-of-the-art, and the results show higher segmentation accuracy and robustness of the proposed model compared to the existing methods across different intra- and inter-domain datasets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,044

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,250
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,026 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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