Molecular Diagnostic Methods Versus Conventional Urine Culture for Diagnosis and Treatment of Urinary Tract Infection: A Systematic Review and Meta-analysis
Notice bibliographique
Résumé
Context: Urine culture has low sensitivity in the diagnosis of urinary tract infection (UTI). Next-generation sequencing (NGS) and polymerase chain reaction (PCR) are culture-independent molecular methods available for commercial use to diagnose UTI. Objective: To systematically evaluate the evidence comparing the diagnostic and therapeutic values of molecular diagnostic methods to urine culture in the management of UTI in adults. Evidence acquisition: We performed a critical review of Embase, Ovid, and PubMed in February 2022 according to the Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-analyses statement. Studies involving pregnant women, ureteral stones, ureteral stents, and percutaneous nephrostomy tubes were excluded. Risk of bias and methodological quality were assessed using the Cochrane risk of bias tool and Newcastle Ottawa Scale. Fifteen publications were selected for inclusion. Evidence synthesis: Included reports compared NGS (nine studies) and PCR (six studies) to urine culture. A meta-analysis of seven similar studies utilizing NGS demonstrates that NGS is more sensitive in the identification of urinary bacteria and detects greater species diversity per urine sample than culture. PCR protocols designed to detect a diverse range of microbes had increased sensitivity and species diversity compared with culture. Phenotypic and genotypic resistomes are concordant in approximately 85% of cases. There is insufficient evidence to compare patient symptomatic responses to antibiotic therapy guided by molecular testing versus standard susceptibility testing. Conclusions: Moderately strong evidence exists that molecular diagnostics demonstrate increased sensitivity in detecting urinary bacteria at the expense of poor specificity in controls. Additional data comparing patient symptoms and cure rates following antibiotic selection directed by molecular methods compared with culture are needed to elucidate their place in UTI care. Patient summary: We compare culture-independent molecular methods with urine culture in the management of urinary tract infection. We found good evidence that molecular methods detect more bacteria than culture; however, the clinical implications to support their routine use are unclear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,043 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,023 | 0,036 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».