Derivation of a minimal functional XIST by combining human and mouse interaction domains
Notice bibliographique
Résumé
Abstract XIST is a 17-19 kb long non-coding RNA critical for X-chromosome inactivation. Tandem repeats within the RNA serve as functional domains involved in the cis-limited recruitment of heterochromatic changes and silencing. To explore the sufficiency of these domains while generating a functional miniXIST for targeted silencing approaches, we tested inducible constructs integrated into 8p in a male cell line. Previous results suggested silencing could be accomplished with a transgene comprised of the repeat A which is highly conserved and critical for silencing; the repeat F which overlaps regulatory elements and the repeat E region which contributes to XIST localization by binding proteins such as CIZ1. As PRC1 is recruited through HNRNPK binding of repeats B - C - D we included a second ‘miniXIST’ comprising AFE with the mouse PID, a 600-nucleotide region of repeat B and C. Silencing of nearby genes was possible with and without PID, however, silencing more distally required the addition of PID. The recruitment of heterochromatic marks, evaluated by IF combined with RNA FISH, revealed that the AFE domains were sufficient only for the recruitment of CIZ1. However, miniXIST transgene recruited all marks, albeit not to full XIST levels. The ability of the PID domain to facilitate silencing and heterochromatic marks recruitment was unexpected, and inhibition of PRC1 suggested that many of these are PRC1-independent. These results suggest that the addition of this small region allowed the partial recruitment of all the changes induced by a full XIST, demonstrating the feasibility of finding a minimal functional XIST.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».