Super-enhancer associated core regulatory circuits mediate susceptibility to retinoic acid in neuroblastoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Neuroblastoma is a pediatric tumour that accounts for more than 15% of cancer-related deaths in children. High-risk tumours are often difficult to treat, and patients’ survival chances are less than 50%. Retinoic acid treatment is part of the maintenance therapy given to neuroblastoma patients; however, not all tumours differentiate in response to retinoic acid. Within neuroblastoma tumors, two phenotypically distinct cell types have been identified based on their super-enhancer landscape and transcriptional core regulatory circuitries: adrenergic (ADRN) and mesenchymal (MES). We hypothesized that the distinct super-enhancers in these different tumour cells mediate differential response to retinoic acid. To this end, three different neuroblastoma cell lines, ADRN (MYCN amplified and non-amplified) and MES cells, were treated with retinoic acid, and changes in the super-enhancer landscape upon treatment and after subsequent removal of retinoic acid was studied. Using ChIP-seq for the active histone mark H3K27ac, paired with RNA-seq, we compared the super-enhancer landscape in cells that undergo neuronal differentiation in response to retinoic acid versus those that fail to differentiate and identified unique super-enhancers associated with neuronal differentiation. Among the ADRN cells that respond to treatment, MYCN-amplified cells remain differentiated upon removal of retinoic acid, whereas MYCN non-amplified cells revert to an undifferentiated state, allowing for the identification of super-enhancers responsible for maintaining differentiation. This study identifies key super-enhancers that are crucial for retinoic acid-mediated differentiation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».