Relation Extraction in Biomedical Texts Based on Multi-Head Attention Model With Syntactic Dependency Feature: Modeling Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: With the rapid expansion of biomedical literature, biomedical information extraction has attracted increasing attention from researchers. In particular, relation extraction between 2 entities is a long-term research topic. OBJECTIVE: This study aimed to perform 2 multiclass relation extraction tasks of Biomedical Natural Language Processing Workshop 2019 Open Shared Tasks: relation extraction of Bacteria-Biotope (BB-rel) task and binary relation extraction of plant seed development (SeeDev-binary) task. In essence, these 2 tasks are aimed at extracting the relation between annotated entity pairs from biomedical texts, which is a challenging problem. METHODS: Traditional research methods adopted feature- or kernel-based methods and achieved good performance. For these tasks, we propose a deep learning model based on a combination of several distributed features, such as domain-specific word embedding, part-of-speech embedding, entity-type embedding, distance embedding, and position embedding. The multi-head attention mechanism is used to extract the global semantic features of an entire sentence. Meanwhile, we introduced a dependency-type feature and the shortest dependency path connecting 2 candidate entities in the syntactic dependency graph to enrich the feature representation. RESULTS: score of our model is superior to that of other existing models and achieves state-of-the-art performance. CONCLUSIONS: We demonstrated that the multi-head attention mechanism can learn relevant syntactic and semantic features in different representation subspaces and different positions to extract comprehensive feature representation. Moreover, syntactic dependency features can improve the performance of the model by learning dependency relation between the entities in biomedical texts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».