Cohort profile:<b>S</b>top the Spread Ottawa (SSO)<i>—</i>a community-based prospective cohort study on antibody responses, antibody neutralisation efficiency and cellular immunity to SARS-CoV-2 infection and vaccination
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: To investigate the robustness and longevity of SARS-CoV-2 immune responses conferred by natural infection and vaccination among priority populations such as immunocompromised individuals and people with post-acute sequelae of COVID-19 in a prospective cohort study (Stop the Spread Ottawa-SSO) in adults living in the Ottawa region. In this paper, we describe the study design, ongoing data collection and baseline characteristics of participants. PARTICIPANTS: Since October 2020, participants who tested positive for COVID-19 (convalescents) or at high risk of exposure to the virus (under surveillance) have provided monthly blood and saliva samples over a 10-month period. As of 2 November 2021, 1026 adults had completed the baseline survey and 976 had attended baseline bloodwork. 300 participants will continue to provide bimonthly blood samples for 24 additional months (ie, total follow-up of 34 months). FINDINGS TO DATE: The median age of the baseline sample was 44 (IQR 23, range: 18-79) and just over two-thirds (n=688; 67.1%) were female. 255 participants (24.9%) had a history of COVID-19 infection confirmed by PCR and/or serology. Over 600 participants (60.0%) work in high-risk occupations (eg, healthcare, teaching and transportation). 108 participants (10.5%) reported immunocompromising conditions or treatments at baseline (eg, cancer, HIV, other immune deficiency, and/or use of immunosuppressants). FUTURE PLANS: SSO continues to yield rich research potential, given the collection of pre-vaccine baseline data and samples from the majority of participants, recruitment of diverse subgroups of interest, and a high level of participant retention and compliance with monthly sampling. The 24-month study extension will maximise opportunities to track SARS-CoV-2 immunity and vaccine efficacy, detect and characterise emerging variants, and compare subgroup humoral and cellular response robustness and persistence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».