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Enregistrement W4294989731 · doi:10.3390/bios12090717

Metal and pH-Dependent Aptamer Binding of Tetracyclines Enabling Highly Sensitive Fluorescence Sensing

2022· article· en· W4294989731 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueBiosensors · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésOxytetracyclineTetracyclineChemistryAptamerFluorescenceDoxycyclineMetal ions in aqueous solutionMetalDetection limitNuclear chemistryChromatographyAntibioticsBiochemistryBiologyMolecular biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tetracyclines are a widely used group of antibiotics, many of which are currently only used in veterinary medicine and animal husbandry due to their adverse side effects. For the detection of tetracyclines, we previously reported a DNA aptamer named OTC5 that binds to tetracycline, oxytetracycline, and doxycycline with similar KD’s of ~100 nM. Tetracyclines have an intrinsic fluorescence that is enhanced upon binding to OTC5, which can be used as a label-free and dye-free sensor. In this work, the effect of pH and metal ions on the sensor was studied. Mg2+ ions are required for the binding of OTC5 to its target with an optimal concentration of 2 mM. Other metal ions including Ca2+ and Zn2+ can also support aptamer binding. Although Mn2+ barely supported binding, the binding can be rescued by Mg2+. ITC studies confirmed that OTC5 had a KD of 0.2 μM at a pH of 6.0 and 0.03 μM at a pH of 8.3. Lower pH (pH 6) showed better fluorescence enhancement than higher pH (pH 8.3), although a pH of 6.0 had slightly higher KD values. Under optimized sensing conditions, sensors with limit of detections (LODs) of 0.1–0.7 nM were achieved for tetracycline, oxytetracycline, and doxycycline, which are up to 50-fold lower than previously reported. Milk samples were also tested yielding an LOD of 16 nM oxytetracycline at a pH of 6.0.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,780

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle