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Enregistrement W4295027270 · doi:10.1186/s12863-022-01085-3

Analysis of protein kinase C (HcPKC) gene expression and single-nucleotide polymorphisms related to inner shell color traits in Hyriopsis cumingii

2022· article· en· W4295027270 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueBMC Genomic Data · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématiquemelanin and skin pigmentation
Établissements canadiensMinistry of Agriculture
Organismes subventionnairesProgram of Shanghai Academic Research LeaderNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismBiologyProtein kinase CMolecular biologyTyrosinaseLinkage disequilibriumSerineGenePopulationGene expressionHaplotypeGeneticsGenotypeKinasePhosphorylationBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Protein kinase C (PKC) is a multifunctional serine and PKC can phosphorylate serine residues in the cytoplasmic domain of tyrosinase, thereby regulating the activity of tyrosinase. Activated PKC is bound to the melanosome membrane, and unactivated PKC is free in the cytoplasm of melanocytes. In this study, we study the role of PKC gene in the melanin synthesis pathway and its effect on the color of the nacre of H. cumingii. RESULTS: In this study, a HcPKC gene in H. cumingii was cloned and its effects on melanin synthesis and nacre color were studied. HcPKC was expressed in both purple and white mussels, and the level of mRNA expression was higher in the purple mussels than in white mussels. Strong and specific mRNA signals were detected in the dorsal epithelial cells of the mantle pallial layer, indicating that HcPKC may be involved in nacre formation. After SNP association with inner shell color related traits, according to the principle that 0.25 < PIC < 0.5 is medium polymorphism and PIC < 0.25 is low polymorphism, the A + 332G site on the HcPKC gene was a site of moderate polymorphism, and the other four sites were low polymorphism sex sites. There was strong linkage disequilibrium among the five loci. A haplotype was constructed and it was found that the frequency of T1 (AGGAA)in the white population was significantly higher than that in the purple population (P < 0.05). CONCLUSION: The study found that HcPKC of H. cumingii can be used as a candidate gene related to inner shell color, and some of the SNP sites can be used for molecular-assisted breeding in the spinnaker mussel, providing a reference for cultivating high-quality freshwater pearls.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,053
Score d'incertitude au seuil0,504

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle