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Enregistrement W4295076170 · doi:10.1016/j.gim.2022.07.024

Biallelic loss-of-function variants in RABGAP1 cause a novel neurodevelopmental syndrome

2022· article· en· W4295076170 sur OpenAlexafffund
Rachel Youjin Oh, Ashish R. Deshwar, Ashish Marwaha, Nesrin Sabha, Michael B. Tropak, Huayun Hou, Kyoko E. Yuki, Michael D. Wilson, Patrick Rump, Roelineke J. Lunsing, Noha Elserafy, Clara W. T. Chung, Stacy Hewson, Tanja Klein‐Rodewald, Julia Calzada‐Wack, Adrián Sanz‐Moreno, Markus Kraiger, Susan Marschall, Helmut Fuchs, Valérie Gailus‐Durner, Martin Hrabě de Angelis, James J. Dowling, Andreas Schulze

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensSickKids FoundationUniversity of TorontoUniversity of CalgaryHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesINFRAFRONTIERBundesministerium für Bildung und ForschungGenome Canada
Mots-clésMicrocephalyVentriculomegalyLoss functionExome sequencingBiologyNeurodevelopmental disorderIntellectual disabilityDisease gene identificationExomeGlobal developmental delayCorpus callosumKnockout mouseHearing lossGeneticsMedicineNeuroscienceMutationGenePhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: RABGAP1 is a GTPase-activating protein implicated in a variety of cellular and molecular processes, including mitosis, cell migration, vesicular trafficking, and mTOR signaling. There are no known Mendelian diseases caused by variants in RABGAP1. METHODS: Through GeneMatcher, we identified 5 patients from 3 unrelated families with homozygous variants in the RABGAP1 gene found on exome sequencing. We established lymphoblastoid cells lines derived from an affected individual and her parents and performed RNA sequencing and functional studies. Rabgap1 knockout mice were generated and phenotyped. RESULTS: We report 5 patients presenting with a common constellation of features, including global developmental delay/intellectual disability, microcephaly, bilateral sensorineural hearing loss, and seizures, as well as overlapping dysmorphic features. Neuroimaging revealed common features, including delayed myelination, white matter volume loss, ventriculomegaly, and thinning of the corpus callosum. Functional analysis of patient cells revealed downregulated mTOR signaling and abnormal localization of early endosomes and lysosomes. Rabgap1 knockout mice exhibited several features in common with the patient cohort, including microcephaly, thinning of the corpus callosum, and ventriculomegaly. CONCLUSION: Collectively, our results provide evidence of a novel neurodevelopmental syndrome caused by biallelic loss-of-function variants in RABGAP1.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,746
Score d'incertitude au seuil0,498

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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