Resistome prevalence and diversity in Escherichia coli isolates of global wastewaters
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Antimicrobial resistance (AMR) is a global problem driven by unregulated antibiotic use leading to the emergence of resistant strains; the “antibiotic paradox” where the cure is the cause of deadlier infections. AMR is fueled by wastewater mismanagement and global mobility, leading to the dissemination of AMRs and multidrug-resistant (MDR) strains worldwide. We embarked on estimating the ‘invasion’ of antibiotic-resistant genes (ARGs) into the normal flora of humans. We screened 300 local wastewater E. coli and sequenced eight isolates to study the genome diversity and resistome, which were then compared with the 529 globally isolated wastewater E. coli (genomes from the PATRIC database). Local wastewaters had 26% resistant and 59% plasmid-bearing E. coli. Global wastewater resistome majorly comprised ARGs against beta-lactam, aminoglycosides, fluoroquinolone, sulfonamide, and trimethoprim. Resistance to colistin, a last-resort antibiotic, was prevalent in MDRs of European and South Asian isolates. Canada fared better in all the AMR parameters, likely due to effective AMR surveillance, antibiotic stewardship and wastewater disinfection, which could serve as a model for other regions. A systems approach is required to address the AMR crisis on a global scale, reduce antibiotic usage and increase the efficiency of wastewater management and disinfection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».