Abstract B026: Expression levels of chaperonin containing TCP1 in cancer are among the highest in sarcomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Protein folding complexes are essential for oncogenesis. Of these, the multi-subunit complex, Chaperonin-Containing TCP-1 (CCT or TRiC), is upregulated across a spectrum of cancers and folds many of the oncoproteins that drive cancer growth. Using the UCSC Xena online database, which includes datasets from TCGA, TARGET, GTEx, and KidsFirst, we found significant increases in gene expression of the subunits (CCT1-8) that form the chaperonin complex in sarcomas, both adult and pediatric, as compared to other cancers like invasive breast carcinoma, lung carcinoma, glioblastoma multiforme, or prostate cancer. Most notably was the high expression of the second subunit (CCT2) in Rhabdomyosarcoma compared to other pediatric cancers. These findings were confirmed with other databases (e.g., Oncomine). Expression of CCT subunits, like CCT2, was decreased in normal tissues, such as muscle, kidney, and uterus, as compared to sarcoma tissues. Bioinformatic data was confirmed by finding detectable staining of CCT2 protein in sarcoma tissues. This was supported by data from the human protein atlas showing minimal staining for CCT2 in normal smooth and skeletal muscle. Cancer adjacent tissues from a metastatic breast cancer patient study had minimal staining for CCT2 in muscle, fat, and bone. These data show that CCT is increased in sarcomas, while decreased in normal tissues, and has potential for further study as a driver of sarcoma development and a target for therapeutic intervention. Citation Format: Amanda J. Cox, Annette Khaled. Expression levels of chaperonin containing TCP1 in cancer are among the highest in sarcomas [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Sarcomas; 2022 May 9-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2022;28(18_Suppl):Abstract nr B026.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».