Abstract B011: Two epigenetically distinct cellular states in osteosarcoma are regulated by a cluster-specific set of pioneer transcription factors
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Osteosarcoma (OS) genome is characterized by aneuploidy and dramatic structural rearrangements often leading to copy number gain and loss. There is significant heterogeneity between patients. Additionally, there is less known regarding the epigenetic heterogeneity within osteosarcoma and how this may impact critical phenotypes such as therapy response and metastasis. To characterize the osteosarcoma epigenome, we integrated ATAC-seq and RNA-seq across a unique set of patient samples, PDXs and PDX-derived cell lines obtained across the disease continuum and including biopsies, resections, and metastases. Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) analysis revealed the presence of two distinct epigenetic cell states. Differential chromatin accessibility between the clusters showed ~3000 unique open regions per cluster. Using GREAT to associate the differential genomic regions to genes, the enriched pathways of Cluster 1 (C1) are related to mesenchymal cell proliferation, skeletal system morphogenesis, osteoblast differentiation, and Wnt signaling pathway, whereas Cluster 2 (C2) enriched pathways are related to cell motility and migration, extracellular matrix organization and regulation of protein serine/threonine kinase activity. Accessible regions in the chromatin were enriched for a unique set of transcription factor binding sites. C1 accessible regions are enriched with transcription factor binding motifs (TFBM) related to development including RUNX2/3, MEOX2, HOXA2/5, VAX1/2, MEF, VSX and DLX; whereas members of AP1 complex including FOSL1/2, c-FOS, JUN are TFBM enriched in open regions in C2. This is correlated with high protein expression of these transcription factors in a cluster-specific manner and differential binding to chromatin. As expected, gene expression showed a positive correlation with accessible regions in promoters. RUNX2 plays a major role in chromatin remodeling in C1, modifying the chromatin accessibility of 5300 regions, most located in <1kb from the promoters. In conclusion, we uncovered two epigenetically cell states regulated by a cluster-specific set of transcription factors which are able to remodel the chromatin. Citation Format: Eunice Lopez Fuentes, Andrew Clugston, Leanne C. Sayles, E. Alejandro Sweet-Cordero. Two epigenetically distinct cellular states in osteosarcoma are regulated by a cluster-specific set of pioneer transcription factors [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Sarcomas; 2022 May 9-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2022;28(18_Suppl):Abstract nr B011.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».