Degradation of chondroitin sulfate A by a PUL-like operon in Tannerella forsythia
Notice bibliographique
Résumé
Advanced periodontitis has been shown to have strong association with the residence of the bacterial consortia known as the red complex comprised by Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, and Treponema denticola. T. forsythia shares a distant genetic linkage to Bacteroidetes thetaiotaomicron and may therefore produce analogous polysaccharide utilization loci (PUL) which enable complex carbohydrate degradation, import, and use, although this capacity has yet to be demonstrated. Chondroitin sulfate A is a linear, sulfated carbohydrate linked to periodontal disease as the principal species of glycosaminoglycan appended on the surface of cortical bone of teeth and in supporting dental ligaments. Through genomic comparisons with B. thetaiotaomicron, a new PUL-like operon (Bfo2285-Bfo2295, and Bfo3043) was identified in T. forsythia and the crystal structure of two proteins from this PUL-like operon, Bfo2290 and Bfo2294, were reported using X-ray crystallography. Enzyme kinetics for Bfo2290 were reported using a pH-dependent assay and suggested a Km of 0.75 mg/ml ± 0.60 mg/ml, Kcat of 3.74 min-1 ± 0.88 min-1, and Vmax of 7.48 μM/min ± 1.76 μM/min with partially degraded chondroitin sulfate A. Fluorophore-assisted carbohydrate electrophoresis was used to show the processive degradation of chondroitin sulfate A by the proteins encoded in T. forsythia PUL-like operon, and revealed Bfo2291 and Bfo2290 to be an endolytic chondroitin sulfate A lyase and exolytic ΔDi-4S chondroitin sulfate A sulfatase, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».