A complete genome of Bathymodiolus thermophilus thioautotrophic symbiont reveals a unique hydrogenase operon among hydrothermal vent mussel symbionts
Notice bibliographique
Résumé
The mytilid mussel Bathymodiolus thermophilus lives in the deep-sea hydrothermal vent regions due to its symbiotic relationship with chemosynthetic Gammaproteobacteria species which reside inside specialized gill cells. The symbionts in the gill bacteriocytes oxidize the reduced sulfur amply available in the vent environment. Here we sequenced and assembled the complete genome of a gill symbiont sampled from an individual mussel from the East Pacific Rise (EPR9N), using PacBio sequencing technology. The final symbiont assembly consists of a single contig size of 2.83 Mb, with a GC content of 38.6% and encodes for 2,133 protein-coding genes. CRISPR diversity analysis confirmed this genome originated from a single symbiont strain. Comparative analysis revealed 2,554 core gene clusters were shared with other B. thermophilus thiotrophic gill symbiont genomes, whereas 125 were unique to this EPR9N strain. In addition, we found that EPR9N strain has a unique hydrogenase operon among Bathymodiolus mussels consisting of additional H2-sensing hydrogenase subunits and a histidine kinase gene. Also, we found methylated regions sparsely distributed throughout the EPR9N genome, mainly in the transposases regions and densely present in the rRNA gene regions. Variation in genome size, gene content and genome re-arrangements across individual hosts suggest multiple symbiont strains can associate with B. thermophilus. This complete mussel symbiont genome will be invaluable for further comparative genomic analyses studying structural genome evolution, symbiont population diversity, and symbiont ecology in deep-sea chemosynthetic environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».