Comparative genomic analyses of Escherichia coli from meat processing environment in relation to their biofilm formation and persistence
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We investigated the phylogeny of biofilm forming (BF) and non-biofilm forming (NBF) Escherichia coli (n = 114) from beef processing environment and genetic elements in their BF and persistence, by comparative genomic analysis. Phylogroup B1 made up the largest proportion of both BF (73.8%) and NBF (50.9%) groups. E. coli from all sources examined had mixed phylogroups except for those recovered from equipment after cleaning which were exclusively phylogroup B1. Both core genome and gene content trees showed a tree-wide spread of BF strains, with clusters including both BF and NBF strains. Genome wide association studies (GWAS) by Scoary or Pyseer did not find any genes/mutations overrepresented in the BF group. Retrospective analysis of phenotypes found significant correlation (P < 0.05) between BF ability and curli production, cellulose synthesis, and/or mobility. However, the BF group also included strains negative for curli and cellulose and/or missing encoding genes for the two traits. All curli and cellulose encoding genes were present in most genomes, regardless of their BF status. The degree of motility was correlated with both curli and cellulose production, and 80 common genes were overrepresented in all three trait positive groups. A PTS enzyme II and a subsidiary gluconate catabolism pathway, and an iron-dicitrate transport system were more abundant in the persisting E. coli group. These findings suggest gene function redundancy in E. coli for biofilm formation and additional substrate utilization and iron acquisition in its persistence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».