Effects of ancient anthropogenic clam gardens on the growth, survival, and transcriptome of Pacific littleneck clams ( <i>Leukoma staminea</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Clam gardens traditionally established and maintained by coastal Indigenous Peoples of northwest North America are habitat modifications to enhance intertidal clam productivity for reliable local food production. In this study, phenotypic and transcriptomic responses of Pacific littleneck clams ( Leukoma staminea ) were evaluated 16 weeks after transplantation to either unmaintained clam gardens or reference (unmodified) clam beaches. Beach sediment characteristics including grain size and organic content were examined across all beaches. Large differences in abiotic characteristics and phenotypic responses were observed among beaches; however, differences were not related to the clam garden/reference beach effect. Clam survival and growth were negatively associated with small rocks, very fine sand, and silt, along with carbonate and organic content, and positively associated with coarse sand, sand, and fine sand. To investigate molecular responses to unmaintained clam gardens, a de novo transcriptome containing 52,000 putative transcripts was assembled for L. staminea and was used to test for differential expression between transplanted clams in unmaintained clam gardens or on reference beaches. As expected, given the lack of significant phenotypic differences between treatments, transcriptomic responses to unmaintained clam gardens were minor, although several weakly-associated transcripts were identified. By contrast, the strong survival gradient across beaches was used to identify genes associated with survival and, combined with characterization of tissue-specific expression in the gill and digestive gland, contributes to our understanding of molecular processes in this non-model species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».