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Enregistrement W4296130828 · doi:10.1101/2022.09.11.507458

The Chalcidoidea bush of life – a massive radiation blurred by mutational saturation

2022· preprint· en· W4296130828 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueHymenoptera taxonomy and phylogeny
Établissements canadiensNatural Resources Canada
Organismes subventionnairesDivision of Environmental BiologyInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementAgence Nationale de la RechercheU.S. Department of AgricultureConnaught FundCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationNational Science Foundation
Mots-clésBiologyPhylogenetic treeCladeMonophylyEvolutionary biologyTaxonZoologyPhylogeneticsSister groupPaleontologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Capturing phylogenetic signal from a massive radiation can be daunting. The superfamily Chalcidoidea is an excellent example of a hyperdiverse group that has remained recalcitrant to phylogenetic resolution. Chalcidoidea are mostly parasitoid wasps that until now included 27 families, 87 subfamilies and as many as 500,000 estimated species. We combined 1007 exons obtained with Anchored Hybrid Enrichment with 1048 Ultra-Conserved Elements (UCEs) for 433 taxa including all extant families, over 95% of all subfamilies and 356 genera chosen to represent the vast diversity of the superfamily. Going back and forth between molecular results and our collective morphological and biological knowledge, we detected insidious bias driven by the saturation of nucleotide data and highlighted morphological convergences. Our final results are based on a concatenated analysis of the least saturated exons and UCE data sets (2054 loci, 284,106 sites). Our analyses support a sister relationship with Mymarommatoidea. Seven of the previously recognized families were not monophyletic, so foundations for a new classification are discussed. Biology appears potentially more informative than morphology, as illustrated by the elucidation of a clade of plant gall associates and a clade of taxa with planidial first-instar larvae. The phylogeny suggests a shift from smaller soft-bodied wasps to larger and more heavily sclerotized wasps. Deep divergences in Chalcidoidea coincide with an increase in insect families in the fossil record, and an early shift to phytophagy corresponds with the beginning of the “Angiosperm Terrestrial Revolution”. Our dating analyses suggest a Middle Jurassic origin of 174 Ma (167.3-180.5 Ma) and a crown age of 162.2 Ma (153.9–169.8 Ma) for Chalcidoidea. During the Cretaceous, Chalcidoidea underwent a rapid radiation in southern Gondwana with subsequent dispersals to the Northern Hemisphere. This scenario is discussed with regard to knowledge about host taxa of chalcid wasps, their fossil record, and Earth’s paleogeographic history.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,854
Score d'incertitude au seuil0,553

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,180 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle