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Enregistrement W4296182518 · doi:10.31234/osf.io/9t5nh

Brain decoding of the Human Connectome Project Tasks in a Dense Individual fMRI Dataset.

2022· preprint· en· W4296182518 sur OpenAlexafffund
Shima Rastegarnia, Marie St‐Laurent, Elizabeth DuPré, Basile Pinsard, Pierre Bellec

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensInstitut Universitaire de Gériatrie de MontréalUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesWu Tsai Neurosciences Institute, Stanford UniversityCourtois Foundation
Mots-clésHuman Connectome ProjectDecoding methodsComputer scienceSupport vector machineArtificial intelligenceFunctional magnetic resonance imagingBenchmark (surveying)Pattern recognition (psychology)Neural decodingConnectomeMachine learningFunctional connectivityPsychologyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Brain decoding aims to infer cognitive states from patterns of brain activity. Substantialinter-individual variations in functional brain organization challenge accurate decodingperformed at the group level. In this paper, we tested whether accurate brain decodingmodels can be trained entirely at the individual level. We trained several classifiers ona dense individual functional magnetic resonance imaging (fMRI) dataset for which sixparticipants completed the entire Human Connectome Project (HCP) task battery >13times over ten separate fMRI sessions. We evaluated nine decoding methods, fromSupport Vector Machines (SVM) and Multi-Layer Perceptron (MLP) to GraphConvolutional Neural Networks (GCN). All decoders were trained to classify singlefMRI volumes into 21 experimental conditions simultaneously, using ~7h of fMRI dataper participant. The best prediction accuracies were achieved with GCN and MLPmodels, whose performance (57-67% accuracy) approached state-of-the-art accuracy(76%) with models trained at the group level on >1k hours of data from the originalHCP sample. Our SVM model also performed very well (54-62% accuracy). Featureimportance maps derived from MLP —our best-performing model— revealedinformative features in regions relevant to particular cognitive domains, notably in themotor cortex. We also observed that inter-subject classification achieved substantiallylower accuracy than subject-specific models, indicating that our decoders learnedindividual-specific features. This work demonstrates that densely-sampledneuroimaging datasets can be used to train accurate brain decoding models at theindividual level. We expect this work to become a useful benchmark for techniques thatimprove model generalization across multiple subjects and acquisition conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,130
Tête enseignante GPT0,355
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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