<scp>CladeDate</scp> : Calibration information generator for divergence time estimation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Time‐scaled phylogenetic trees are essential tools in modern biology and node‐based calibrations have been the main approach to time‐tree estimation. But methods for generating the required calibration information are scarce and difficult to parameterize. Here, I present CladeDate, an R package for the generation of empirical calibration information from the fossil record. CladeDate uses simple mathematical models to estimate the age of a clade and its uncertainty based on fossil times. Using a Monte Carlo approach, CladeDate generates empirical densities representing the uncertainty associated with the age of the clade and fits standard probability density functions that can be used in time‐tree inference software such as BEAST2, MrBayes and MCMCtree. I show with simulations that the calibration information generated with CladeDate produces accurate time‐trees and compares favourably with more complex methods. I demonstrate the use CladeDate for the generation of calibration information, including point estimates, upper bounds and calibration densities, for passerine birds. CladeDate is particularly suited for groups with limited fossil information or when assumptions of more complex methods are not met, and provides a general and practical solution to the problem of generating calibration information for divergence time estimation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,038 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,102 | 0,059 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».