Abstract B018: A robust system to study human soft-tissue sarcoma lung metastasis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Soft-tissue sarcoma (STS) is a rare connective tissue cancer that encompasses over 50 distinct subtypes including liposarcoma, undifferentiated pleomorphic sarcoma (UPS) and pleomorphic rhabdomyosarcoma. While these subtypes are histologically and genetically different, all are capable of metastasizing into the lungs. However, the mechanisms of metastasis are poorly understood, and patients with metastatic disease have low survival rates. Current statistics show that these patients have a 15% 5-year relative survival rate. It is crucial to understand the mechanisms of metastasis to improve patient therapeutics and survival. Thus, we developed a robust system to enrich and study spontaneous metastatic cells in STS. To do this, we started by screening multiple cell lines for metastatic activity in-vivo. First, immunocompromised mice were injected in the thigh (intramuscularly) with tumor cells. The liposarcoma cell line SW872 gave rise to metastatic tumors in the lung although with limited penetrance and a long latency. Therefore, we identified a mouse with a high metastatic burden and generated a cell line from the primary tumor that was highly metastatic. These serially passaged cells were injected intramuscularly into the thigh of immunocompromised mice and allowed to spontaneously metastasize. This resulted in earlier detection of tumors, and a decreased latency to metastatic disease. For downstream analysis, we enriched the metastatic population resulting from the serially passaged tumor. This was accomplished by first digesting lungs, then depleting mouse cells with magnetic beads. We further enriched the population by sorting HLA-APC positive (human) cells using fluorescence-activated cell sorting (FACS). This process was necessary to reduce mouse cell contamination, and ensure we solely analyzed human cells. Afterwards, metastatic cells can be compared to the primary tumor using RNA, ATAC or Whole-Exome sequencing. We hypothesize that a comparison between the primary and metastatic tumors will identify pathways that allow cells to metastasize. These pathways can be targeted in future therapeutics to improve patient outcomes. This system can also be applied to other STS subtypes. Overall, our robust system allows us to study spontaneous lung metastases, is reflective of the human disease and will provide insight into the mechanisms of metastasis in STS. Citation Format: Maria Muñoz, Janai R. Carr-Ascher. A robust system to study human soft-tissue sarcoma lung metastasis [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Sarcomas; 2022 May 9-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2022;28(18_Suppl):Abstract nr B018.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».