A whole-genome shotgun assembly for genome characterization of the common ice plant (Mesembryanthemum crystallinum L.)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The common ice plant (Mesembryanthemum crystallinum L.) is an annual herb belonging to the genus Mesembryanthemum family of the family Aizoaceae. Here, we performed shotgun genome paired-end sequencing using the Illumina platform to determine the genome sequence of the ice plants. A draft genome was generated with a total length of 286 Mb corresponding to 79.2% of the estimated genome size (361 Mb), consisting of 49,782 contigs. It encompassed 93.49% of the genes of terrestrial higher plants, 99.5% of the ice plant transcriptome, and 100% of known DNA sequences. In addition, 110.9 Mb (38.8%) of repetitive sequences and untranslated regions, 971 tRNA, and 100 miRNA loci were identified, and their effects on stress tolerance and photosynthesis were investigated. Overall, 35,702 protein-coding regions were identified in the genome, of which 56.05–82.59% were annotated and used in domain searches and gene ontology (GO) analyses. The functional characterization using ice plant draft genome is a fundamental result. It can be helpful to elucidate the mechanism of growth promotion and reversible conversion of the photosynthetic type from C3 to CAM in the presence of NaCl. Further, these data could be used in the creation of novel, extremely salt-tolerant crops.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».