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Enregistrement W4296360455 · doi:10.1101/2022.09.18.508425

Conserved whole-brain spatiomolecular gradients shape adult brain functional organization

2022· preprint· en· W4296360455 sur OpenAlexafffund
Jacob W. Vogel, Aaron Alexander‐Bloch, Konrad Wagstyl, Maxwell A. Bertolero, Ross D. Markello, Adam Pines, Valerie J. Sydnor, Alex Diaz-Papkovich, Justine Y. Hansen, Alan C. Evans, Boris C. Bernhardt, Bratislav Mišić, Theodore D. Satterthwaite, Jakob Seidlitz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGene expression and cancer classification
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill Genome CentreMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesCentre Azrieli de recherche sur l'autisme, Institut et Hôpital Neurologiques de MontréalNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchWellcome TrustHospital for Sick ChildrenCanada First Research Excellence FundCanada Research ChairsMcGill UniversityNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBiologyNeuroscienceHuman brainCortex (anatomy)PAX6Cerebral cortexAnatomyTranscription factorGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cortical arealization arises during neurodevelopment from the confluence of molecular gradients representing patterned expression of morphogens and transcription factors. However, how these gradients relate to adult brain function, and whether they are maintained in the adult brain, remains unknown. Here we uncover three axes of topographic variation in gene expression in the adult human brain that specifically capture previously identified rostral-caudal, dorsal-ventral and medial-lateral axes of early developmental patterning. The interaction of these spatiomolecular gradients i) accurately predicts the location of unseen brain tissue samples, ii) delineates known functional territories, and iii) explains the topographical variation of diverse cortical features. The spatiomolecular gradients are distinct from canonical cortical functional hierarchies differentiating primary sensory cortex from association cortex, but radiate in parallel with the axes traversed by local field potentials along the cortex. We replicate all three molecular gradients in three independent human datasets as well as two non-human primate datasets, and find that each gradient shows a distinct developmental trajectory across the lifespan. The gradients are composed of several well known morphogens (e.g., PAX6 and SIX3 ), and a small set of genes shared across gradients are strongly enriched for multiple diseases. Together, these results provide insight into the developmental sculpting of functionally distinct brain regions, governed by three robust transcriptomic axes embedded within brain parenchyma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,209
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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