The missing link in biogeographic reconstruction: Accounting for lineage extinction rewrites history
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim In the most widely used family of methods for ancestral range estimation (ARE), dispersal, speciation and extirpation events are estimated from information on extant lineages. However, this approach fails to consider the geographic distribution of extinct species and their position on the phylogenetic tree, an omission that could compromise reconstruction. Here, we present a method that models the geographic distribution of extinct species and we quantify the potential inaccuracy in ancestral range estimation when extinction rates are above zero. Location Global applications, with an example from the Americas. Taxon All taxa, with an example from hummingbirds ( Amazilia ). Methods Methods capable of explicitly modelling extinct branches along with their reconstructed geographic information (GeoSSE) have been overlooked in ARE analysis, perhaps due to the inherent complexity of implementation. We develop a user‐friendly platform, which we term LEMAD (Lineage Extinction Model of Ancestral Distribution) that generalizes the likelihood described in GeoSSE for any number of areas and under several sets of geographic assumptions. We compare LEMAD and extinction‐free approaches using extensive simulations under different macroevolutionary scenarios. We apply our method to revisit the historical biogeography of Amazilia hummingbirds. Results We find that accounting for the lineages removed from a tree by extinction improves reconstructions of ancestral distributions, especially when rates of vicariant speciation are higher than rates of in situ speciation, and when rates of extinction and range evolution are high. Rates of in situ and vicariant speciation are accurately estimated by LEMAD in all scenarios. North America as the most likely region for the common ancestor of hummingbirds. Main conclusions Methods that neglect lineage extinction are less likely to accurately reconstruct true biogeographic histories of extant clades. Our findings on an empirical dataset reconcile the Eurasian origin of Amazilia with biogeographic reconstructions when lineage extinction is considered.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».