The tRNA-degradation pathway impacts the phenotype and metabolome of Arabidopsis thaliana: evidence from atipt2 and atipt9 knockout mutants
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Isopentenyltransferases (IPTs), including adenosine phosphate-isopentenyltransferases (ATP/ADP-IPTs and AMP-IPTs) and tRNA‐isopentenyltransferases (tRNA-IPTs), are responsible for a rate-limiting step of cytokinin (CK) biosynthesis. tRNA-IPTs, which account for the synthesis of cis-zeatin (cZ)-type CKs, are less understood and often thought to play a housekeeping role or have low activity during plant growth and development. Here, two Arabidopsis tRNA-IPT knockout mutants, atipt2 and atipt9, with independent disturbance of the pathway leading to cisCKs were investigated at the phenotype and metabolite levels at four stages of plant development: first leaf, inflorescence, siliques, and mature seed. Phenotypic deviations were noted in rosette diameter, number of non-rosette leaves, shoot height, flowering time, flower number, carotenoid content, trichome development, and above-ground fresh mass. Hormone profiling by high-performance liquid chromatography - high resolution tandem mass spectrometry (HPLC-HRMS/MS) showed that the atipt2 mutant accumulates lower total cisCKs in the first leaves and in siliques. The atipt9 mutant showed reduced total cisCKs in first leaves, but, during silique development, it had higher levels of cisCKs in than those of the wild type (WT) plants. Additionally, metabolite detection was performed via an untargeted approach using HPLC-HRMS. A total of 33 significant features differing in abundance between ipt mutants and the WT were putatively identified based on database search. Matched metabolites included those that participate in hormone cross-talk, fatty acid synthesis, seed set and germination, and in stress acclimation. Evidence indicates that cisCK production is important for plant growth and development, in ways distinct from CKs produced from de novo pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».