Unorthodox PCNA Binding by Chromatin Assembly Factor 1
Notice bibliographique
Résumé
The eukaryotic DNA replication fork is a hub of enzymes that continuously act to synthesize DNA, propagate DNA methylation and other epigenetic marks, perform quality control, repair nascent DNA, and package this DNA into chromatin. Many of the enzymes involved in these spatiotemporally correlated processes perform their functions by binding to proliferating cell nuclear antigen (PCNA). A long-standing question has been how the plethora of PCNA-binding enzymes exert their activities without interfering with each other. As a first step towards deciphering this complex regulation, we studied how Chromatin Assembly Factor 1 (CAF-1) binds to PCNA. We demonstrate that CAF-1 binds to PCNA in a heretofore uncharacterized manner that depends upon a cation-pi (π) interaction. An arginine residue, conserved among CAF-1 homologs but absent from other PCNA-binding proteins, inserts into the hydrophobic pocket normally occupied by proteins that contain canonical PCNA interaction peptides (PIPs). Mutation of this arginine disrupts the ability of CAF-1 to bind PCNA and to assemble chromatin. The PIP of the CAF-1 p150 subunit resides at the extreme C-terminus of an apparent long α-helix (119 amino acids) that has been reported to bind DNA. The length of that helix and the presence of a PIP at the C-terminus are evolutionarily conserved among numerous species, ranging from yeast to humans. This arrangement of a very long DNA-binding coiled-coil that terminates in PIPs may serve to coordinate DNA and PCNA binding by CAF-1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».