163 Assessment of the Methanogenic Archaeal Communities Throughout the Gastrointestinal Tract in Beef Cattle with Different Breeds
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Methane mitigation in ruminants is important to reduce greenhouse gas emissions and enhance feed utilization. Methanogenic archaea inhabit the gastrointestinal tract (GIT) of ruminants where they utilize H2 reducing equivalents formed by other microbiota (i.e., bacteria, fungi, and protozoa) to reduce CO2 to methane. This study aimed to assess methanogens in the GIT of beef cattle and evaluate the influence of gut regions and cattle breeds on methanogenic ecology. Digesta were collected from six gut regions (rumen, duodenum, jejunum, ileum, colon, rectum) in forty-two beef steers representing three breeds (Angus n=13, Charolais n=14, Kinsella composite hybrid n=15). Methanogens were characterized using 16S rRNA gene amplicon sequencing with methanogen-specific primers and analyzed using RIM-DB with QIIME2. Total methanogens were quantified using qPCR with universal methanogen primers. Gut region and breed effects were assessed using the non-parametric Kruskal-Wallis test. Estimation of methanogenic populations showed a region effect (P < 0.05), with the highest copy number observed in the rumen and the lowest in the duodenum and jejunum. Ten methanogenic species were identified (with a relative abundance ≥ 0.01% in ≥ 50% of individuals per breed) throughout the GIT with Methanobrevibacter ruminantium (predominant in all regions), Methanobrevibacter gottschalkii, and Methanosphaera sp. ISO3-F5 observed in all regions and in all breeds. Divergent methanogenic compositions were observed among gut regions (P < 0.05) and breed-specific species were identified (e.g., Methanobacterium bryantii in the colon of Charolais). The alpha-diversity index (Chao1) varied among gut regions (P < 0.05), and rumen showed the highest richness over other gut regions. Breed affected the alpha-diversity where Angus was distinct from other breeds (P < 0.05). These results revealed that methanogens in the GIT are region-dependent and breed-specific, highlighting the importance of taking cattle breed and total-tract ecology into consideration to understand the role of methanogens in the GIT.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».