PSXIII-B-13 Investigation of Genetic Markers That may be Associated with Responses of Dairy Cows to Ketosis Treatment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The objective of this study was to investigate genetic markers associated with different responses to ketosis treatment when compared to ketosis-free Holstein cows. Holstein cows (N=964) from four commercial farms, located in New York State/USA, were included in a randomized controlled trial for ketosis treatment for a period of 2 months (5/19/2019 to 7/20/2019). The cows were screened for BHB (β-hydroxybutyrate ≥1.2 mmol/L) in the first two weeks postpartum (0-14 DIM). Cows with negative results (BHB < 1.2 mmol/L) in the first week (0-7 DIM) were retested in the second week of lactation (8-14 DIM), if negative at both screening tests, cows were categorized as ketosis-free (control group). The cows with positive results in the screening period (0-14 DIM) were treated as detailed in Capel et al. (2020) and reassessed in the following two weeks. According to the cow`s response to the treatment, they were classified as CURED, RECURRENT, SEVERE, and CHRONIC. Out of the 964 cows, 489 were genotyped using the 50k Illumina Bead Chip array. A mixed linear model-based genome-wide association study (GWAS) was carried out in GCTA software. The GWAS was performed for each ketosis outcome compared to the control group. Several potential genomic regions were identified on chromosomes 1, 3, 4, 7, 8, 14, and 17. Overall, the highlighted genes included COL1A1, NEDD4l, DIP2A, CARD6, ITGA7, and MMP19, which have shared functions with genes previously associated with ketosis (e.g., CASP9, ACACA, and Interleukins) in pathways such as the transport of glucose and other sugars, bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds, Cell adhesion_ECM remodeling Pathway, TGF-beta signaling, Nucleotide-binding Oligomerization Domain (NOD), and Mesodermal commitment. These findings contribute to a better understanding of the mechanisms that trigger response to ketosis treatment and warrant further investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».