PSXIV-11 Microbial Characterization of Digital Dermatitis and Foot rot in Feedlot Cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Lameness is a significant health issue in feedlot cattle, having major economic, labor, and welfare implications. Digital dermatitis (DD), a lesion of the plantar surface of the foot, and foot rot (FR), which affects the interdigital cleft, are common infectious causes of feedlot lameness with bacterial origins. These hoof lesions can occur alone or in combination in the same hoof (DD+FR). Over a one-year period (2019-2020), 208 hoof swabs were obtained from cattle with FR (n = 55), DD (n = 18), and DD+FR (n = 29), and 5 completely healthy cattle (controls) from three southern Alberta commercial feedlots. 16S rRNA gene sequencing was used to characterize the bacterial microbiota of DD, FR, and DD+FR lesions relative to corresponding healthy skin controls found within the same affected animals. DD and FR lesion microbiotas showed reduced diversity compared with corresponding control skin. Multiple Treponema (members of Spirochaetaceae Family) species were differentially abundant in DD lesions compared with contralateral control skin. FR lesions are characterized by an abundance of Fusobacterium necrophorum and Porphyromonas levii, compared with contralateral control skin. The microbiome of DD+FR lesions was similar to FR lesions, where F. necrophorum and P. levii were increased compared with contralateral control skin. Other differentially abundant taxa (Helcococcus, Succiniclasticum spp.) found in FR and DD+FR lesions had been previously associated with DD, suggesting there may be an overlap of bacteria that have a role in both types of hoof lesions. The findings support previous literature showing that FR and DD are polybacterial in nature. The identification of novel bacterial species of DD and FR lesions could contribute information for the development of more targeted and effective prevention and treatment strategies. A novel finding of the sequencing analysis for hooves with concurrent DD and FR infection was characterized.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».