A Case Report on Longitudinal Collection of Tumour Biopsies for Gene Expression-Based Tumour Microenvironment Analysis from Pancreatic Cancer Patients Treated with Endoscopic Ultrasound Guided Radiofrequency Ablation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Most patients with pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) are metastatic at presentation with dismal prognosis warranting improved systemic therapy options. Longitudinal sampling for the assessment of treatment response poses a challenge for validating novel therapies. In this case study, we evaluate the feasibility of collecting endoscopic ultrasound (EUS)-guided longitudinal fine-needle aspiration biopsies (FNABs) from two PDAC patients and conduct gene expression studies associated with tumour microenvironment changes associated with radiofrequency ablation (RFA). METHODS: EUS-guided serial/longitudinal FNABs of tumour were collected before and after treatment from two stage III inoperable gemcitabine-treated PDAC patients treated with targeted RFA three times. Biopsies were analysed using a custom NanoString panel (144 genes) consisting of cancer and cancer-associated fibroblast (CAFs) subtypes and immune changes. CAF culture was established from one FNAB and characterised by immunofluorescence and immunoblotting. RESULTS: Two-course RFA led to the upregulation of the CD1E gene (involved in antigen presentation) in both patients 1 and 2 (4.5 and 3.9-fold changes) compared to baseline. Patient 1 showed increased T cell genes (CD4-8.7-fold change, CD8-35.7-fold change), cytolytic function (6.4-fold change) and inflammatory response (8-fold change). A greater than 2-fold upregulation of immune checkpoint genes was observed post-second RFA in both patients. Further, two-course RFA led to increased PDGFRα (4.5-fold change) and CAF subtypes B and C genes in patient 1 and subtypes A, B and D genes in patient 2. Patient 2-derived CAFs post-first RFA showed expression of PDGFRα, POSTN and MYH11 proteins. Finally, RFA led to the downregulation of classical PDAC subtype-specific genes in both patients. CONCLUSIONS: This case study suggests longitudinal EUS-FNAB as a potential resource to study tumour and microenvironmental changes associated with RFA treatment. A large sample size is required in the future to assess the efficacy and safety of the treatment and perform comprehensive statistical analysis of EUS-RFA-based molecular changes in PDAC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».