Impact of SARS-CoV-2 lockdown on expansion of HIV transmission clusters among key populations: A retrospective phylogenetic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: Public health measures designed to reduce SARS-CoV-2 transmission led to reduced access to care and prevention services for people living with or at risk of acquiring HIV, particularly during the initial introduction of extensive restrictions. This reduction in access may have contributed to increases in HIV transmission not outweighed by decreases in transmission occurring as a result of reduced contact rates promoted by the same public health measures. Methods: We synthesize available province-wide HIV data in British Columbia, Canada, together with public mobility data to phylogenetically investigate the early impacts of SARS-CoV-2 on HIV transmission. Cluster growth, coalescent branching events and lineage-level diversification rates were assessed in "pre-lockdown" (January 22-March 21, 2020), "lockdown" (March 22-May 20, 2020) and "post-lockdown" (May 21-July 19, 2020) to facilitate comparison of transmission trends across key populations. Findings: Results reveal increased HIV transmission in a limited number of clusters in association with reduced access to health services during the initial introduction of SARS-CoV-2-related restrictions. In particular, clusters associated with people who inject drugs (PWID) show rapid growth, extensive branching events in phylogenetic trees during and following the lockdown period, and elevated median change in individuals' viral diversification rates during lockdown compared to clusters associated with men who have sex with men (MSM), consistent with increased transmission rates between PWID. Interpretation: Increased vigilance and innovative targeted solutions are critical to offset potential negative impacts of SARS-CoV-2 or future pandemic-related restrictions on HIV epidemic dynamics. Funding: Funding sources include Genome Canada and Genome BC, the Public Health Agency of Canada, the BC Centre for Excellence in HIV/AIDS, and the Canadian Institutes of Health Research Coronavirus Rapid Response Programme. Student funding includes a NSERC CREATE scholarship and a Canadian Institutes of Health Research graduate fellowship.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».