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Enregistrement W4296998418 · doi:10.3389/fninf.2022.919779

A domain adaptation benchmark for T1-weighted brain magnetic resonance image segmentation

2022· article· en· W4296998418 sur OpenAlex
Parisa Saat, Nikita Nogovitsyn, Muhammad Yusuf Hassan, Muhammad Athar Ganaie, Roberto Souza, Hadi Hemmati

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Neuroinformatics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueDomain Adaptation and Few-Shot Learning
Établissements canadiensHotchkiss Brain InstituteYork UniversityMcMaster UniversitySt. Michael's HospitalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacs
Mots-clésSegmentationComputer scienceBenchmark (surveying)Artificial intelligenceImage segmentationDeep learningPattern recognition (psychology)Magnetic resonance imagingMachine learningComputer vision

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Accurate brain segmentation is critical for magnetic resonance imaging (MRI) analysis pipelines. Machine-learning-based brain MR image segmentation methods are among the state-of-the-art techniques for this task. Nevertheless, the segmentations produced by machine learning models often degrade in the presence of expected domain shifts between the test and train sets data distributions. These domain shifts are expected due to several factors, such as scanner hardware and software differences, technology updates, and differences in MRI acquisition parameters. Domain adaptation (DA) methods can make machine learning models more resilient to these domain shifts. This paper proposes a benchmark for investigating DA techniques for brain MR image segmentation using data collected across sites with scanners from different vendors (Philips, Siemens, and General Electric). Our work provides labeled data, publicly available source code for a set of baseline and DA models, and a benchmark for assessing different brain MR image segmentation techniques. We applied the proposed benchmark to evaluate two segmentation tasks: skull-stripping; and white-matter, gray-matter, and cerebrospinal fluid segmentation, but the benchmark can be extended to other brain structures. Our main findings during the development of this benchmark are that there is not a single DA technique that consistently outperforms others, and hyperparameter tuning and computational times for these methods still pose a challenge before broader adoption of these methods in the clinical practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,817
Score d'incertitude au seuil0,783

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle