Purification, crystallization and crystallographic analysis of the PorX response regulator associated with the type IX secretion system
Notice bibliographique
Résumé
Pathogenic bacteria utilize specialized macromolecular secretion systems to transport virulence factors across membrane(s) and manipulate their infected host. To date, 11 secretion systems have been identified, including the type IX secretion system (T9SS) associated with human, avian and farmed-fish diseases. As a bacterial secretion system, the T9SS also facilitates gliding motility and the degradation of different macromolecules by the secretion of metabolic enzymes in nonpathogenic bacteria. PorX is a highly conserved protein that regulates the transcription of essential T9SS components and additionally mediates the function of T9SS via direct interaction with PorL, the rotary motor protein of the T9SS. PorX is also a member of a two-component system regulatory cascade, where it serves as the response regulator that relays a signal transduced from a conserved sensor histidine kinase, PorY, to a designated sigma factor. Here, the recombinant expression and purification of PorX homologous proteins from the pathogenic bacterium Porphyromonas gingivalis and the nonpathogenic bacterium Flavobacterium johnsoniae are reported. A bioinformatical characterization of the different domains comprising the PorX protein is also provided, and the crystallization and X-ray analysis of PorX from F. johnsoniae are reported.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».