A phylogenetic analysis of <i>Bromus</i> (Poaceae: Pooideae: Bromeae) based on nuclear ribosomal and plastid data, with a focus on <i>Bromus</i> sect. <i>Bromus</i>
Notice bibliographique
Résumé
To investigate phylogenetic relationships among and within major lineages of Bromus , with focus on Bromus sect. Bromus , we analyzed DNA sequences from two nuclear ribosomal (ITS, ETS) and two plastid ( rpl32-trnL UAG , matK ) regions. We sampled 103 ingroup accessions representing 26 taxa of B . section Bromus and 15 species of other Bromus sections. Our analyses confirm the monophyly of Bromus s.l. and identify incongruence between nuclear ribosomal and plastid data partitions for relationships within and among major Bromus lineages. Results support classification of B. pumilio and B. gracillimus within B . sect. Boissiera and B . sect. Nevskiella , respectively. These species are sister groups and are closely related to B. densus ( B . sect. Mexibromus ) in nrDNA trees and Bromus sect. Ceratochloa in plastid trees. Bromus sect. Bromopsis is paraphyletic. In nrDNA trees, species of Bromus sects. Bromopsis , Ceratochloa , Neobromus , and Genea plus B. rechingeri of B . sect. Bromus form a clade, in which B. tomentellus is sister to a B . sect. Genea – B. rechingeri clade. In the plastid trees, by contrast, B . sect. Bromopsis species except B. tomentosus form a clade, and B. tomentosus is sister to a clade comprising B . sect. Bromus and B . sect. Genea species. Affinities of B. gedrosianus , B. pulchellus , and B. rechingeri (members of the B. pectinatus complex), as well as B. oxyodon and B. sewerzowii , are discordant between nrDNA and plastid trees. We infer these species may have obtained their plastomes via chloroplast capture from species of B . sect. Bromus and B . sect. Genea . Within B . sect. Bromus , B. alopecuros subsp. caroli-henrici , a clade comprising B. hordeaceus and B. interruptus , and B. scoparius are successive sister groups to the rest of the section in the nrDNA phylogeny. Most relationships among the remaining species of B . sect. Bromus are unresolved in the nrDNA and plastid trees. Given these results, we infer that most B . sect. Bromus species likely diversified relatively recently. None of the subdivisional taxa proposed for Bromus sect. Bromus over the last century correspond to natural groups identified in our phylogenetic analyses except for a group including B. hordeaceus and B. interruptus .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».