Under the shadow: Old-biased genes are subject to weak purifying selection at both the tissue and cell type-specific levels
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The mutation accumulation theory predicts that aging is caused by accumulation of late-acting deleterious variants in the germ-line, due to weak purifying selection at old age. In accordance with this model, we and others have shown that sequence conservation among old-biased genes (with higher expression in old versus young adults) is weaker than among young-biased genes across a number of mammalian and insect species. However, questions remained regarding the source and generality of this observation. It was especially unclear whether the observed patterns were driven by tissue and cell type composition shifts or by cell-autonomous expression changes during aging. How wide this trend would extend to non-mammalian metazoan aging was also uncertain. Here we analyzed bulk tissue as well as cell type-specific RNA sequencing data from diverse animal taxa across six different datasets from five species. We show that the previously reported age-related decrease in transcriptome conservation (ADICT) is commonly found in aging tissues of non-mammalian species, including non-mammalian vertebrates (chicken brain, killifish liver and skin) and invertebrates (fruit fly brain). Analyzing cell type-specific transcriptomes of adult mice, we further detect the same ADICT trend at the single cell type level. Old-biased genes are less conserved across the majority of cell types analyzed in the lung, brain, liver, muscle, kidney, and skin, and these include both tissue-specific cell types, and also ubiquitous immune cell types. Overall, our results support the notion that aging in metazoan tissues may be at least partly shaped by the mutation accumulation process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».