A First Draft of the Core Fungal Microbiome of Schedonorus arundinaceus with and without Its Fungal Mutualist Epichloë coenophiala
Notice bibliographique
Résumé
Tall fescue (Schedonorus arundinaceus) is a cool-season grass which is commonly infected with the fungal endophyte Epichloë coenophiala. Although the relationship between tall fescue and E. coenophiala is well-studied, less is known about its broader fungal communities. We used next-generation sequencing of the ITS2 region to describe the complete foliar fungal microbiomes in a set of field-grown tall fescue plants over two years, and whether these fungal communities were affected by the presence of Epichloë. We used the Georgia 5 cultivar of tall fescue, grown in the field for six years prior to sampling. Plants were either uninfected with E. coenophiala, or they were infected with one of two E. coenophiala strains: The common toxic strain or the AR542 strain (sold commerically as MaxQ). We observed 3487 amplicon sequence variants (ASVs) across all plants and identified 43 ASVs which may make up a potential core microbiome. Fungal communities did not differ strongly between Epichloë treatments, but did show a great deal of variation between the two years. Plant fitness also changed over time but was not influenced by E. coenophiala infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».