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Enregistrement W4299009394 · doi:10.1002/ppul.21583

Poster Session Abstracts

2011· article· en· W4299009394 sur OpenAlexafffund

Notice bibliographique

RevuePediatric Pulmonology · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesCystic Fibrosis CanadaMedical Research CouncilCystic Fibrosis Foundation TherapeuticsPediatric Endocrine SocietyKaiser PermanenteCystic Fibrosis Foundation
Mots-clésPhosphorylationBiophysicsCystic fibrosis transmembrane conductance regulatorBinding siteChloride channelIntrinsically disordered proteinsBiochemistryCytoplasmCyclic nucleotide-binding domainPlasma protein bindingChemistryCell biologyNucleotideBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cytoplasmic portions of membrane proteins often contain disordered regions that can function as regulatory components.CFTR, the membrane protein chloride channel mutated in cystic fibrosis, is a dynamic biological machine that undergoes functional conformational changes.A significant modulator of this dynamic behavior is the ~200 residue cytoplasmic regulatory (R) region of CFTR, which is intrinsically disordered in isolation and which makes highly dynamic interactions with the nucleotide binding domains (NBDs) of CFTR, other segments of CFTR and other proteins.Similar to many other disordered proteins, the R region is a "hub" for regulatory protein interactions and is a site of regulatory phosphorylation, in this case by PKA, PKC and AMPK.Building on our previous work, we have performed NMR and fluorescence binding studies on non-phosphorylated and highly PKA phosphorylated states of the isolated R region and have demonstrated binding of the R region with NBD1, NBD2, and a 40-residue peptide from the C-terminus of CFTR, as well as the STAS domain of the SLC26A3 chloride-bicarbonate exchanger that is a co-regulator of CFTR, and the 14-3-3beta protein implicated in CFTR processing.Analysis of NMR resonance broadening and chemical shift changes upon binding coupled with fluorescence binding measurements provides evidence for multi-site interactions of various segments of the R region.Our interpretation of the binding to the NBDs is that the multiple elements interact by transiently stabilizing helical structure, while binding to the 14-3-3beta likely involves transient stabilization of extended structure around each of the PKA sites.The NBD binding is much stronger for the non-phosphorylated R region while binding to the C-terminus and 14-3-3beta is stronger for the PKA phosphorylated state.Initial studies of isolated peptides of the R region suggest that binding of the entire disordered "domain" provides enhancement with synergistic effects of these various interacting elements.The diversity of structural modes and electrostatic contributions to binding contribute to the complex regulatory mechanisms at play within CFTR.These studies provide more evidence for our proposed model of the R region as a highly dynamic integrator of different regulatory inputs in controlling both CFTR chloride channel gating and protein processing.As our understanding of the complexity of regulatory dynamics within CFTR develops, so will our understanding of their functional and pathological implications.This work was supported by the CF

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,255
Score d'incertitude au seuil0,364

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,7450,521

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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