Genetics of murine craniofacial morphology: diallel analysis of the eight founders of the Collaborative Cross
Notice bibliographique
Résumé
Using eight inbred founder strains of the mouse Collaborative Cross (CC) project and their reciprocal F1 hybrids, we quantified variation in craniofacial morphology across mouse strains, explored genetic contributions to craniofacial variation that distinguish the founder strains, and tested whether specific or summary measures of craniofacial shape display stronger additive genetic contributions. This study thus provides critical information about phenotypic diversity among CC founder strains and about the genetic contributions to this phenotypic diversity, which is relevant to understanding the basis of variation in standard laboratory strains and natural populations. Craniofacial shape was quantified as a series of size-adjusted linear dimensions (RDs) and by principal components (PC) analysis of morphological landmarks captured from computed tomography images from 62 out of the 64 reciprocal crosses of the CC founder strains. We first identified aspects of skull morphology that vary between these phenotypically ‘normal’ founder strains and that are defining characteristics of these strains. We estimated the contributions of additive and various non-additive genetic factors to phenotypic variation using diallel analyses of a subset of these strongly differing RDs and the first 8 PCs of skull shape variation. We find little difference in the genetic contributions to RD measures and PC scores, suggesting fundamental similarities in the magnitude of genetic contributions to both specific and summary measures of craniofacial phenotypes. Our results indicate that there are stronger additive genetic effects associated with defining phenotypic characteristics of specific founder strains, suggesting these distinguishing measures are good candidates for use in genotype-phenotype association studies of CC mice. Our results add significantly to understanding of genotype-phenotype associations in the skull, which serve as a foundation for modeling the origins of medically and evolutionarily relevant variation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».