Stiff-spring approximation revisited: inertial effects in\n non-equilibrium trajectories
Notice bibliographique
Résumé
Use of harmonic guiding potentials is the most common method for implementing\nsteered molecular dynamics (SMD) simulations, performed to obtain potentials of\nmean force (PMFs) of molecular systems using non-equilibrium work (NEW)\ntheorems. Harmonic guiding potentials are also the natural choice in single\nmolecule force spectroscopy experiments. The stiff spring approximation (SSA)\nof Schulten and coworkers enables to use the work performed along SMD\ntrajectories to obtain the PMF.\n We discuss and demonstrate how a high spring constant, k, required for the\nvalidity of the SSA can violate another requirement of this theory, i.e., the\nvalidity of Brownian dynamics of the system. Violation of the Brownian\ncondition results in the introduction of kinetic energy contributions to the\nexternal work, performed during SMD simulations. These inertial effects result\nin skewed work distributions, rather than the Gaussian distributions predicted\nby SSA. The inertial effects also result in broader work distributions, which\nworsen the effect of the skewness when calculating work averages. Remarkably,\nour results strongly suggest that the skew and width of work distributions are\nindependent of the average drift velocity and physical asymmetries.\n The skew and broadening of work distributions result in biased estimation of\nthe PMF. The bias manifests itself in the form of a systematic error that\nincreases with simulation time. We discuss the proper upper limit for k, such\nthat the inertial effects are avoided. This limit, used together with the\nrelation for the lower limit of k, enables to conduct accurate steering while\nsatisfying the Brownian dynamics. Furthermore, we argue and demonstrate that\nusing the peak-value (rather than the statistical mean) of the work\ndistributions vastly reduces the bias in the calculated PMFs and improves the\naccuracy.\n
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».