Models of vimentin organization under actin-driven transport
Notice bibliographique
Résumé
Intermediate filaments form an essential structural network, spread throughout the cytoplasm, and play a key role in cell mechanics, intracellular organization, and molecular signaling. The maintenance of the network and its adaptation to the cell's dynamic behavior relies on several mechanisms implicating cytoskeletal crosstalk which are not fully understood. Mathematical modeling allows us to compare several biologically realistic scenarios to help us interpret experimental data. In this study we observe and model the dynamics of the vimentin intermediate filaments in single glial cells seeded on circular micropatterns following microtubule disruption by nocodazole treatment. In these conditions, the vimentin filaments move towards the cell center and accumulate before eventually reaching a steady state. In the absence of microtubule-driven transport, the motion of the vimentin network is primarily driven by actin-related mechanisms. To model these experimental findings, we hypothesize that vimentin may exist in two states, mobile and immobile, and switch between the states at unknown (either constant or nonconstant) rates. Mobile vimentin is assumed to advect with either constant or nonconstant velocity. We introduce several biologically realistic scenarios using this set of assumptions. For each scenario, we use differential evolution to find the best parameter sets resulting in a solution that most closely matches the experimental data and then the assumptions are evaluated using the Akaike information criterion. This modeling approach allows us to conclude that our experimental data are best explained by a spatially dependent trapping of intermediate filaments or a spatially dependent speed of actin-dependent transport.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».