Culture collections as a source of historic strains for genomic studies in plant pathology
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The first microbial culture collection was established in 1890, and subsequently, over the course of the twentieth century, the number of culture collections grew substantially. One such collection was the CABI-IMI Genetic Resources Collection, informally initiated at the origins of the Commonwealth Mycological Institute in 1920 and established as a UK National Collection in 1947. Its holdings reflect the activities of CABI in agriculture and the environment. Like many collections, it was originally established as a taxonomic reference resource. Over the years, deposits have included strains isolated from disease outbreaks in major crops from all parts of the world. Recent developments in genome sequencing technology and bioinformatic analysis have opened up the potential to characterise historic strains to shed more insights on their biology and evolution. In this paper we describe how the resources held within the CABI-IMI culture collection have helped track the emergence and divergence of Fusarium xylarioides , the coffee wilt pathogen, with a specific focus on the evolution of pathogenicity. Such studies illustrate the value held within the world’s culture collections—their importance in underpinning science and developing our understanding and evolution of plant diseases as well as how the impact of disease can be mitigated in response to climate change, in order to increase yields and feed the world’s burgeoning population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».