An Improved Model for Circular RNA Overexpression: Using the Actin Intron Reveals High Circularization Efficiency
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Notice bibliographique
Résumé
gene is used to generate a foreign circular sequence. However, the T4 system has been shown to be fairly inefficient in expressing circular RNA (circRNA). Here, a new method is developed to express circular sequences with high circularization efficiency to strengthen the confidence for future circRNA functional studies. CircRNA expression plasmids, constructed with different lengths derived from the actin intron (15-nt, 30-nt, 60-nt, 100-nt, 180-nt) and T4 intron, are introduced into human and mouse cell lines 293T and B16. Junction detection and sequencing are used to determine successful circularization of introns and their expression efficiencies. An actin intron with a medium length (60-nt-100-nt) shows significantly increased efficiency of circularization, whereas intron-100-nt shows the best efficiency in most conditions. RNA pull-down assays are designed to precipitate the splicing factors that are bound to the introns and intron/exon junction. The precipitated proteins are analyzed by mass spectrometry (MS), aiming to identify the possible underlying mechanism behind the high circularization efficiency. This expression system has been validated using different circRNAs, and such method shows potential in contributing to the expanding field of circRNA studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle