A global pangenome for the wheat fungal pathogen Pyrenophora tritici-repentis and prediction of effector protein structural homology
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The adaptive potential of plant fungal pathogens is largely governed by the gene content of a species, consisting of core and accessory genes across the pathogen isolate repertoire. To approximate the complete gene repertoire of a globally significant crop fungal pathogen, a pan genomic analysis was undertaken for Pyrenophora tritici-repentis (Ptr), the causal agent of tan (or yellow) spot disease in wheat. In this study, 15 new Ptr genomes were sequenced, assembled and annotated, including isolates from three races not previously sequenced. Together with 11 previously published Ptr genomes, a pangenome for 26 Ptr isolates from Australia, Europe, North Africa and America, representing nearly all known races, revealed a conserved core-gene content of 57 % and presents a new Ptr resource for searching natural homologues (orthologues not acquired by horizontal transfer from another species) using remote protein structural homology. Here, we identify for the first time a non-synonymous mutation in the Ptr necrotrophic effector gene ToxB , multiple copies of the inactive toxb within an isolate, a distant natural Pyrenophora homologue of a known Parastagonopora nodorum necrotrophic effector (SnTox3), and clear genomic break points for the ToxA effector horizontal transfer region. This comprehensive genomic analysis of Ptr races includes nine isolates sequenced via long read technologies. Accordingly, these resources provide a more complete representation of the species, and serve as a resource to monitor variations potentially involved in pathogenicity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle