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Enregistrement W4304080329 · doi:10.1161/circgen.121.003598

Gene Sequencing Identifies Perturbation in Nitric Oxide Signaling as a Nonlipid Molecular Subtype of Coronary Artery Disease

2022· article· en· W4304080329 sur OpenAlexaff
Amit V. Khera, Minxian Wang, Mark Chaffin, Connor A. Emdin, Nilesh J. Samani, Heribert Schunkert, Hugh Watkins, Ruth McPherson, Jeanette Erdmann, Roberto Elosúa, Eric Boerwinkle, Diego Ardissino, Adam S. Butterworth, Emanuele Di Angelantonio, Aliya Naheed, John Danesh, Rajiv Chowdhury, Harlan M. Krumholz, Wayne Huey‐Herng Sheu, Stephen S. Rich, Jerome I. Rotter, Yii‐Der Ida Chen, Stacey Gabriel, Eric S. Lander, Danish Saleheen, Sekar Kathiresan

Notice bibliographique

RevueCirculation Genomic and Precision Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchBritish Heart FoundationWellcome Trust
Mots-clésCoronary artery diseaseGeneNitric oxideCoding regionComputational biologyMedicineChemistryGeneticsBiologyBioinformaticsCardiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: A key goal of precision medicine is to disaggregate common, complex diseases into discrete molecular subtypes. Rare coding variants in the low-density lipoprotein receptor gene ( LDLR ) are identified in 1% to 2% of coronary artery disease (CAD) patients, defining a molecular subtype with risk driven by hypercholesterolemia. Methods: To search for additional subtypes, we compared the frequency of rare, predicted loss-of-function and damaging missense variants aggregated within a given gene in 41 081 CAD cases versus 217 115 controls. Results: Rare variants in LDLR were most strongly associated with CAD, present in 1% of cases and associated with 4.4-fold increased CAD risk. A second subtype was characterized by variants in endothelial nitric oxide synthase gene ( NOS3 ), a key enzyme regulating vascular tone, endothelial function, and platelet aggregation. A rare predicted loss-of-function or damaging missense variants in NOS3 was present in 0.6% of cases and associated with 2.42-fold increased risk of CAD (95% CI, 1.80–3.26; P =5.50×10 −9 ). These variants were associated with higher systolic blood pressure (+3.25 mm Hg; [95% CI, 1.86–4.65]; P =5.00×10 −6 ) and increased risk of hypertension (adjusted odds ratio 1.31; [95% CI, 1.14–1.51]; P =2.00×10 −4 ) but not circulating cholesterol concentrations, suggesting that, beyond lipid pathways, nitric oxide synthesis is a key nonlipid driver of CAD risk. Conclusions: Beyond LDLR , we identified an additional nonlipid molecular subtype of CAD characterized by rare variants in the NOS3 gene.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,906
Score d'incertitude au seuil0,364

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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