Positioning whole exome sequencing in the diagnostic pathway for rare disease to optimise utility: a protocol for an observational cohort study and an economic evaluation
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Despite the superior diagnostic performance of exome and genome sequencing compared with conventional genetic tests, evidence gaps related to clinical utility and cost effectiveness have limited their availability in routine clinical practice in many jurisdictions. To inform adoption and reimbursement policy, this protocol provides a chain of evidence approach to determining the diagnostic utility, clinical utility and cost-effectiveness of whole exome sequencing (WES) from seven medical genetic centres in two Canadian provinces. METHODS AND ANALYSIS: Using a multicentre observational cohort design, we will extract data specific to the pre-WES diagnostic pathway and 1-year post-WES medical management from electronic medical records for 650 patients with rare disease of suspected genetic aetiology who receive WES. The date from the clinical record will be linked to provincial administrative health database to capture healthcare resource use and estimate costs. Our analysis will: (1) define and describe diagnostic testing pathways that occur prior to WES among patients with rare disease, (2) determine the diagnostic utility of WES, characterised as the proportion of patients for whom causative DNA variants are identified, (3) determine the clinical utility of WES, characterised as a change in medical management triggered by WES results, (4) determine the pattern and cost of health service utilisation prior and 1 year following WES among patients who receive a diagnosis, do not receive a diagnosis, or receive an uncertain diagnosis and (5) estimate the cost-effectiveness of WES compared with conventional diagnostic testing pathways, measured by the incremental cost per additional patient diagnosed by WES using simulation modelling. ETHICS AND DISSEMINATION: This protocol was approved by Clinical Trials Ontario (CTO-1577) and research ethics boards at the University of Calgary (REB18-0744 and REB20-1449) and University of Alberta (Pro0009156). Findings will be disseminated through academic publications and policy reports.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,150 | 0,177 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,009 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,024 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».