Integrated analysis of cell-free DNA for the early detection of cancer in people with Li-Fraumeni Syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Summary Despite advances in cancer therapeutics, early detection is often the best prognostic indicator for survival ( 1 ). People with Li-Fraumeni syndrome harbor a germline pathogenic variant in the tumor suppressor gene TP53 ( 2 ) and face a near 100% lifetime risk of developing a wide spectrum of, often multiple, cancers ( 3 ). TP53 mutation carriers routinely undergo intensive surveillance protocols which, although associated with significantly improved survival, are burdensome to both the patient and the health care system ( 4 ). Liquid biopsy, the analysis of cell-free DNA fragments in bodily fluids, has become an attractive tool for a range of clinical applications, including early cancer detection, because of its ability to provide real-time holistic insight into the cellular milieu ( 5 ). Here, we assess the efficacy of a multi-modal liquid biopsy assay that integrates a targeted gene panel, shallow whole genome, and cell-free methylated DNA immunoprecipitation sequencing for the early detection of cancer in a cohort of Li-Fraumeni syndrome patients: 196 blood samples from 89 patients, of which 26 were pediatric and 63 were adults. Our integrated analysis was able to detect a cancer-associated signal in 79.4% of samples from patients with active cancer, a 37.5% – 58.8% improvement over each individual analysis. Through analysis of patient plasma at cancer negative timepoints, we were able to detect cancer-associated signals up to 16 months prior to occurrence of cancer as detected by conventional clinical modalities in 17.6% of TP53 mutation carriers. This study provides a framework for the integration of liquid biopsy into current surveillance methods for patients with Li-Fraumeni syndrome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».