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Enregistrement W4304591039 · doi:10.1101/2022.10.06.511070

The TUDOR domain of SMN is an H3K79 <sup>me1</sup> histone mark reader

2022· preprint· en· W4304591039 sur OpenAlexaff
Olivier Binda, Aimé Boris Kimenyi Ishimwe, Maxime Galloy, Karine Jacquet, Armelle Corpet, Amélie Fradet‐Turcotte, Jocelyn Côté, Patrick Lomonte

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurogenetic and Muscular Disorders Research
Établissements canadiensUniversité LavalUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleFrench Muscular Dystrophy Association
Mots-clésSpinal muscular atrophySMN1SMA*BiologyHistoneHistone H3GeneticsCell biologyMolecular biologyGeneComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Spinal Muscle Atrophy (SMA) is the leading genetic cause of infant mortality and results from the loss of functional Survival Motor Neuron (SMN) protein by either deletion or mutation of the SMN1 gene. SMN is characterized by a central TUDOR domain, which mediates the association of SMN with arginine methylated (R me ) partners, such as COILIN, FIBRILLARIN, and RNApolII. Herein, we biochemically demonstrate that SMN also associates with histone H3 monomethylated on lysine 79 (H3K79 me1 ), defining SMN as the first known H3K79 me1 histone mark reader, and thus the first histone mark reader to recognize both methylated arginine and lysine residues. Mutational analyzes provide evidence that SMN TUDOR associates with H3 via an aromatic cage. Importantly, most SMN TUDOR mutants found in SMA (SMN ST ) patients fail to associate with H3K79 me1 . Summary Blurb Spinal Muscle Atrophy (SMA) is caused by mutation or deletion of SMN1 gene. Survival Motor Neuron (SMN) protein associates with histone H3 mono-methylated on lysine 79 (H3K79 me1 ) through its central TUDOR domain. SMA-linked mutations occur within the TUDOR domain and prevent association with histone H3.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,751
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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