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Enregistrement W4304693722 · doi:10.1101/2022.10.10.511518

The identity of <i>Argyria lacteella</i> (Fabricius, 1794) (Lepidoptera, Pyraloidea, Crambinae), synonyms, and related species using morphology and DNA capture in type specimens

2022· preprint· en· W4304693722 sur OpenAlexfundno aff
Bernard Landry, Julia Bilat, James E. Hayden, M. Alma Solís, David C. Lees, Nadir Álvarez, Théo Léger, Jérémy Gauthier

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLepidoptera: Biology and Taxonomy
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNorthern Research StationU.S. Forest ServiceNational Museum of Natural HistoryUniversité de LausanneInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementU.S. Department of AgricultureSmithsonian InstitutionUniversity of GuelphAnimal and Plant Health Inspection ServiceNational Geographic Society
Mots-clésHolotypeDNA barcodingBiologyZoologyEvolutionary biologyPhylogenetic treeTaxonomy (biology)GeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Recent developments in museomics enable genetic information to be recovered from previously unusable collection specimens and thus to answer complex taxonomic questions. Here we apply museomics to a taxonomic problem involving several species of Argyria Hübner (Pyraloidea, Crambinae), with previously unrecognized morphological variation. By analysing the DNA barcode (COI-5P) in numerous specimens, we aimed to reconstruct phylogenetic relationships between species, to provide better evidence for synonymies, and to circumscribe their geographical distribution. Using an innovative DNA hybridization capture protocol, we partially recovered the DNA barcode of the lectotype of Argyria lacteella (Fabricius, 1794) for comparison with the 229 DNA barcode sequences of Argyria specimens available in the Barcode of Life Datasystems, and this firmly establishes the identity of the species. The same protocol was used for the following type specimens: the Argyria abronalis (Walker, 1859) holotype, thus confirming the synonymy of this name with A. lacteella , the holotype of A. lusella (Zeller, 1863), rev. syn ., the holotype of A. multifacta Dyar, 1914, syn. n ., newly synonymized with A. lacteella , and a specimen of Argyria diplomochalis Dyar, 1913, collected in 1992. A complementary sampling composed of nine specimens of A. lacteella, A. diplomochalis, A. centrifugens Dyar, 1914 and A. gonogramma Dyar, 1915, from North to South America, were integrated using classical COI amplification and Sanger sequencing. Argyria gonogramma Dyar, described from Bermuda, is the name to be applied to the more widespread North American species formerly identified as A. lacteella . Following morphological study of its holotype, Argyria vestalis Butler, 1878, syn. n . is also synonymized with A. lacteella . The name A. pusillalis Hübner, 1818, is considered a nomen dubium associated with A. gonogramma . The adult morphology is diagnosed and illustrated, and distributions are plotted for A. lacteella, A. diplomochalis, A. centrifugens , and A. gonogramma based on slightly more than 800 specimens. For the first time, DNA barcode sequences are provided for the Antillean A. diplomochalis . Our work highlights the efficiency of the DNA hybrid capture enrichment method to retrieve DNA barcodes from 18th and 19th century type specimens in order to solve taxonomic issues in Lepidoptera.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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