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Enregistrement W4304695497 · doi:10.1016/j.xgen.2022.100192

Global Biobank Meta-analysis Initiative: Powering genetic discovery across human disease

2022· article· en· W4304695497 sur OpenAlexaff
Wei Zhou, Masahiro Kanai, Kuan-Han Wu, Humaira Rasheed, Kristin Tsuo, Jibril Hirbo, Ying Wang, Arjun Bhattacharya, Huiling Zhao, Shinichi Namba, Ida Surakka, Brooke N. Wolford, Valeria Lo Faro, Esteban A. Lopera-Maya, Kristi Läll, Marie-Julie Favé, Juulia Partanen, Sinéad B. Chapman, Juha Karjalainen, Mitja Kurki, Mutaamba Maasha, Ben Brumpton, Sameer Chavan, Tzu‐Ting Chen, Michelle Daya, Yi Ding, Yen‐Chen Anne Feng, Lindsay Guare, Christopher R. Gignoux, Sarah E. Graham, Whitney Hornsby, Nathan Ingold, Said I. Ismail, Ruth Johnson, Triin Laisk, Kuang Lin, Jun Lv, Iona Y. Millwood, Sonia Moreno–Grau, Kisung Nam, Priit Palta, Anita Pandit, Michael Preuß, Chadi Saad, Shefali Setia-Verma, Unnur Þorsteinsdóttir, Jasmina Uzunović, Anurag Verma, Matthew Zawistowski, Xue Zhong, Nahla Afifi, Kawthar Al-Dabhani, Asma Al Thani, Yuki Bradford, Archie Campbell, Kristy Crooks, Geertruida H. de Bock, Scott M. Damrauer, Nicholas J. Douville, Sarah Finer, Lars G. Fritsche, Eleni Fthenou, Gilberto Gonzalez-Arroyo, Chris Griffiths, Yu Guo, Karen A. Hunt, Alexander Ioannidis, Nomdo M. Jansonius, Takahiro Konuma, Ming Ta Michael Lee, Arturo Lopez-Pineda, Yuta Matsuda, Riccardo E. Marioni, Babak Moatamed, Marco A. Nava-Aguilar, Kensuke Numakura, Snehal Patil, Nicholas Rafaels, Anne Richmond, Agustin Rojas‐Muñoz, Jonathan Shortt, Péter Straub, Ran Tao, Brett Vanderwerff, Manvi Vernekar, Yogasudha Veturi, Kathleen C. Barnes, Marike Boezen, Zhengming Chen, Chia‐Yen Chen, Judy H. Cho, George Davey Smith, Hilary K. Finucane, Lude Franke, Eric R. Gamazon, Andrea Ganna, Tom R. Gaunt, Tian Ge, Hailiang Huang, Jennifer E. Huffman, Nicholas Katsanis, Jukka Koskela, Clara Lajonchere, Matthew H. Law, Liming Li, Cecilia M. Lindgren, Ruth J. F. Loos, Stuart MacGregor, Koichi Matsuda, Catherine M. Olsen, David J. Porteous, Jordan A. Shavit, Harold Snieder, Tomohiro Takano, Richard C. Trembath, Judith M. Vonk, David C. Whiteman, Stephen J. Wicks, Cisca Wijmenga, John Wright, Jie Zheng, Xiang Zhou, Philip Awadalla, Michael Boehnke, Carlos D. Bustamante, Nancy J. Cox, Segun Fatumo, Daniel H. Geschwind, Caroline Hayward, Kristian Hveem, Eimear E. Kenny, Seunggeun Lee, Hamdi Mbarek, Reedik Mägi, Hilary C. Martin, Sarah E. Medland, Yukinori Okada, Aarno Palotie, Bogdan Paşaniuc, Daniel J. Rader, Marylyn D. Ritchie, Serena Sanna, Jordan W. Smoller, Kāri Stefánsson, David A. van Heel, Robin Walters, Sebastian Zöllner, Alicia R. Martin, Cristen J. Willer, Mark J. Daly, Benjamin M. Neale

Notice bibliographique

RevueCell Genomics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilNovo Nordisk FondenWellcome TrustCooley's Anemia FoundationNational Human Genome Research InstituteBiogenU.S. Department of Veterans Affairs
Mots-clésBiobankGenome-wide association studyGenetic associationDiseaseMeta-analysisData scienceBiologyComputational biologyGeneticsComputer scienceMedicineGeneGenotypeSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Biobanks facilitate genome-wide association studies (GWASs), which have mapped genomic loci across a range of human diseases and traits. However, most biobanks are primarily composed of individuals of European ancestry. We introduce the Global Biobank Meta-analysis Initiative (GBMI)-a collaborative network of 23 biobanks from 4 continents representing more than 2.2 million consented individuals with genetic data linked to electronic health records. GBMI meta-analyzes summary statistics from GWASs generated using harmonized genotypes and phenotypes from member biobanks for 14 exemplar diseases and endpoints. This strategy validates that GWASs conducted in diverse biobanks can be integrated despite heterogeneity in case definitions, recruitment strategies, and baseline characteristics. This collaborative effort improves GWAS power for diseases, benefits understudied diseases, and improves risk prediction while also enabling the nomination of disease genes and drug candidates by incorporating gene and protein expression data and providing insight into the underlying biology of human diseases and traits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,176
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,269
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,176
Score d'incertitude au seuil0,930

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1760,269
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0060,013
Bibliométrie0,0160,017
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0070,004
Science ouverte0,0050,012
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations407
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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