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Enregistrement W4304777503 · doi:10.1016/j.xgen.2022.100195

Proteome-wide Mendelian randomization in global biobank meta-analysis reveals multi-ancestry drug targets for common diseases

2022· article· en· W4304777503 sur OpenAlexfundno aff
Huiling Zhao, Humaria Rasheed, Therese Haugdahl Nøst, Yoonsu Cho, Yi Liu, Laxmi Bhatta, Arjun Bhattacharya, Gibran Hemani, George Davey Smith, Ben Brumpton, Wei Zhou, Benjamin M. Neale, Tom R. Gaunt, Jie Zheng

Notice bibliographique

RevueCell Genomics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFaculté de médecine et des sciences de la santé, Université de SherbrookeFaculty of Medicine and Health, University of SydneyFakultet for medisin og helsevitenskap, Norges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetUniversity of BristolDiabetes UKDepartment of Health and Social CareElizabeth Blackwell Institute for Health Research, University of BristolBritish Heart FoundationQIMR Berghofer Medical Research InstituteAlan Turing InstituteSt. Olavs Hospital Universitetssykehuset i TrondheimAcademy of Medical SciencesTaiwan BiobankCancer Research UKDepartment for Business, Energy and Industrial Strategy, UK GovernmentWellcome TrustAmerican Medical SystemsNorges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetStiftelsen Kristian Gerhard JebsenNational Institute for Health and Care ResearchBiometMedical Research CouncilBiogen
Mots-clésMendelian randomizationBiobankProteomeComputational biologyBiologyGeneralizability theoryGeneticsDrug targetPopulationDrugMeta-analysisBioinformaticsMedicinePharmacologyGenetic variantsGenePsychologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Proteome-wide Mendelian randomization (MR) shows value in prioritizing drug targets in Europeans but with limited evidence in other ancestries. Here, we present a multi-ancestry proteome-wide MR analysis based on cross-population data from the Global Biobank Meta-analysis Initiative (GBMI). We estimated the putative causal effects of 1,545 proteins on eight diseases in African (32,658) and European (1,219,993) ancestries and identified 45 and 7 protein-disease pairs with MR and genetic colocalization evidence in the two ancestries, respectively. A multi-ancestry MR comparison identified two protein-disease pairs with MR evidence in both ancestries and seven pairs with specific effects in the two ancestries separately. Integrating these MR signals with clinical trial evidence, we prioritized 16 pairs for investigation in future drug trials. Our results highlight the value of proteome-wide MR in informing the generalizability of drug targets for disease prevention across ancestries and illustrate the value of meta-analysis of biobanks in drug development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,036
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,038
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,191

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0360,038
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,010
Bibliométrie0,0030,004
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations79
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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